El tratamiento de aguas es el proceso que tiene como finalidad eliminar los contaminantes presentes en el líquido. Existen diversos tipos de tratamiento de aguas: físicos, biológicos y químicos. Cada tratamiento pasa por distintas etapas para cumplir a cabalidad su función:

Tratamiento primario

El propósito principal de la etapa primaria es producir un líquido homogéneo capaz de ser tratado. Las operaciones que incluye son el desengrase, la sedimentación primaria, la filtración, neutralización y la desorción. En esta etapa se remueven elementos contaminantes en el agua como aceites, grasas, arenas y sólidos gruesos. El primer paso es eliminar sólidos grandes que puedan causar un daño en la planta. Al finalizar la filtración se procede a neutralizar el pH y eliminar contaminantes volátiles como el amoniaco.

En este tipo de tratamiento  se puede retirar aproximadamente el 60 de los sólidos sedimentables y el 30 de los sólidos suspendidos.

Tratamiento secundario

 Esta etapa pretende eliminar desechos y sustancias que con la sedimentación en la etapa primaria no pudieron ser removidas, y para degradar el contenido biológico del agua residual. De igual manera, acelera la descomposición de los contaminantes orgánicos. Este proceso biológico facilita que bacterias aerobias digieran la materia orgánica presente en el agua, almacenándola en tanques en los que se mezcla con agua cargada de microorganismos. Estos tanques tienen sistemas que garantizan las condiciones para el crecimiento de estas bacterias beneficiosas. Posteriormente se conduce este líquido a tanques cilíndricos en los que se realiza la decantación de los lodos. El paso final de la etapa secundaria del tratamiento es retirar los flóculos biológicos y producir agua tratada con bajos niveles de materia orgánica y materia suspendida.

Tratamiento terciario

En esta etapa se retienen toxinas residuales. Se realiza filtración, lagunaje, remoción de nutrientes y desinfección. Este procesos físico y químico limpia las aguas de fósforo, nitrógeno, minerales, metales pesados, virus, compuestos orgánicos y otros. Este tratamiento suele ser algo más sofisticado así que se usa solo en algunos casos, por lo general para tratar desechos industriales.